Un rédacteur d'Ars Technica a remarqué quelques changements non documentés apparus avec iPhone OS 3 et concernant les listes de lecture intelligentes (smart playlists) et les podcasts. D'une part, les iPhone et iPod touch sont désormais capables de mettre à jour les playlists intelligentes en autonomie, sans passer par une synchronisation. Ainsi, si vous avez une liste contenant tous les titres classés en cinq étoiles et que vous mettez la note maximale à un morceau en cours d'utilisation, ce dernier sera automatiquement ajouté à la liste. Pour que cela fonctionne, il faut préalablement demander à iTunes de mettre les listes à jour en temps réel, une option disponible pour chacune des listes.
D'autre part, la suppression des podcasts sur un terminal est effectivement prise en compte. Avec les versions précédentes, on pouvait effectivement les supprimer, mais ils réapparaissaient à la première synchronisation. Désormais, toute suppression est définitive.