La suite CopyTrans, alternative à iTunes pour la synchronisation des iPod et iPhone sous Windows (XP et Vista), reste compatible avec la mise à jour iPhone OS 3. Ses développeurs ont déjoué les changements opérés par Apple pour garantir une compatibilité avec tous les modèles d'iPod et iPhone existants (depuis la quatrième génération d'iPod).
CopyTrans se charge de la synchronisation de vos musiques, vidéos, podcasts ou livres audio. Les listes de lecture sont prises en compte, de même que les pochettes d'albums et les compteurs. Si vous souhaitez synchroniser les photos de votre terminal mobile, vous pouvez vous tourner vers CopyTrans photo, lui aussi compatible avec iPhone OS 3.