Messenger propose désormais de verrouiller les discussions derrière Touch ID ou Face ID. L'option est disponible dans les réglages Confidentialité > Verrouillage d'apps de l'application. Après activation, on peut choisir la cadence à laquelle la messagerie réclamera une identification biométrique : à chaque ouverture de Messenger, ou selon un certain temps après avoir quitté l'app (1, 15 ou 60 minutes).
Ce verrouillage évitera les quiproquos embêtants si un ami ou un proche vous pique l'iPhone et accède à des conversations privées. Cette fonction ne partage aucune information avec Facebook — elle est enchâssée dans iOS et bénéficie donc des mêmes protections que le déverrouillage de l'iPhone ou l'authentification Apple Pay. Cela parait naturel, mais au vu de la réputation de Facebook en la matière, ça va mieux en le disant.
De nouveaux outils de sécurité vont également être proposés pour décider qui peut envoyer un message ou appeler l'utilisateur, et qui ne peut pas le contacter du tout. Une liste noire en quelque sorte, qui reprendra le même principe à l'œuvre dans Instagram. Messenger va aussi brouiller les photos reçues dans le dossier de demandes de messages afin de laisser la possibilité à l'utilisateur de visualiser l'image en question (ou de bloquer le correspondant inconnu). Ces fonctions sont toujours en développement.